Lukten av avføring er hovedsakelig knyttet til putrefaktive prosesser som påvirker aminosyrene som rømmes fra tarmabsorpsjon. Disse næringsstoffene blir faktisk fanget opp av tykktarmbakteriene og gjennomgår en dekarboksyleringsprosess som produserer følgende giftige aminer:
arginin → agmatin
cystin og cystein → merkaptan
histidin → histamin
lysin → kadaverin
ornitin → putrescine
tyrosin → tiratina
tryptofan → indol og skatole
Mange av disse stoffene gir avføringen en spesielt ubehagelig lukt. Avføringen blir ganske illeluktende selv når de forblir i tarmen i lang tid, så vel som i de nevnte tilfellene av malabsorpsjon (cøliaki, bukspyttkjertelinsuffisiens, tarminfeksjoner, Crohns sykdom, ulcerøs kolitt, tarmsyndrom, cystisk fibrose, lever sykdom og galdeveier og magesykdom ledsaget av hypoklorhydria). Når malabsorpsjonen hovedsakelig er protein, er lukten av avføringen kvalmende, mens den blir syrlig og penetrerende når store mengder uabsorberte eller dårlig fordøyd sukker og stivelse kommer til tykktarmen, deretter gjæret av den lokale floraen med produksjon av flyktige fettsyrer .
Vegetarens diaré og avføring lukter dårlig.
Avføring med lukt av fisk eller sæd er karakteristisk for bacillardysenteri, kolera og mer generelt for slimhinne.
Oppsummert påvirkes lukten av avføring derfor av spisevaner (mengde proteiner, aromatiske matvarer som hvitløk eller løk, etc.), av tarmbakterieflora, av helsetilstanden og av bestemte vaner (for eksempel røyking eller tygging Generelt bidrar forbruket av små og velbalanserte måltider, uten å knytte store mengder "uforenlige" matvarer (se dissosiert diett) til å optimalisere fordøyelsesprosesser, redusere forekomsten av lidelser som meteorisme og flatulens, og gi avføring en sui generis lukt.
Alle tilfeller der den dårlige lukten av avføringen ledsages av symptomer som svart, tjæret eller blek avføring, tilstedeværelse av blod i det samme, feber, frysninger, alvorlige magekramper, rikelig tilstedeværelse av slim i avføringen og vekttap.
