Fordøyelsen av karbohydrater begynner i munnhulen og fortsetter i tarmen, der de ulike næringsstoffene absorberes. Formålet med denne prosessen er hydrolyse av disakkaridene, oligosakkaridene og polysakkaridene til de enkelte monosakkaridene som utgjør dem, for å gjøre dem absorberes av tarmslimhinnen. For det som er sagt, krever sukker som er introdusert med dietten, for eksempel glukose og fruktose, ingen fordøyelsesprosess og absorberes som sådan. Glukose absorberes spesielt ved aktiv transport, mens fruktose krysser tarmslimhinnen ved lettere diffusjon; det følger at levulosen absorberes saktere, og dette bidrar til å senke den glykemiske indeksen.
Stivelse utgjør den overveiende delen av komplekse karbohydrater tatt i et balansert kosthold; den består av mange glukoseenheter koblet sammen på en lineær (amylose) og forgrenet (amylopektin) måte, og blir hovedsakelig introdusert gjennom poteter, belgfrukter, frokostblandinger og derivater, som pasta og brød. Fordøyelsen begynner i munnen, hvor den blir angrepet av spytt α-amylaser, som frigjør maltose og isomaltose (disakkarider dannet ved sammenslutning av to glukosenheter, henholdsvis forbundet med α-1,4 og α-1,6 bindinger), maltotriose (denne gangen er det tre glukosemolekyler) og dekstriner (7-9 enheter glukose, med tilstedeværelse av en gren). munnhule.
Aktiviteten til spytt α-amylaser stopper i magen, på grunn av surheten som kjennetegner magemiljøet. Fordøyelsen av karbohydrater gjenopptas og fullføres i tynntarmen, takket være den kombinerte virkningen av bukspyttkjertelen og tarmsaften. Først er det et a-amylaseenzym som ligner spytten, som som sådan omdanner stivelse til maltose og dekstriner. Disse kan ikke hydrolyseres av bukspyttkjertelamylaser og gjennomgå virkningen av spesielle deramifiserende enzymer (α-1,6 glykosidase, α-dekstrinase eller isomaltase) som er tilstede i tynntarmens epitelceller. På dette nivået finner vi ytterligere enzymer involvert i fordøyelsen av disakkarider; suksrase, for eksempel, fører til dannelse av glukose og fruktose som starter fra et molekyl av sukrose og sørger for hydrolyse av maltose og maltotriose i synergi med enzymet maltase; Til slutt fordøyer laktase melkesukker ved å bryte det ned i glukose og galaktose (mangelen på dette enzymet, veldig vanlig i voksen alder, spesielt i svarte populasjoner, er ansvarlig for laktoseintoleranse).
Når fordøyelsen av karbohydrater til de enkelte monosakkaridene som utgjør dem er fullført, er sukkerarter klare til å bli absorbert. Som forventet kan denne absorpsjonen skje ved lettere diffusjon (fruktose) eller ved aktiv transport (glukose, galaktose).
Ikke alle karbohydrater som blir introdusert med dietten er fordøyelige, og selv stivelsen selv, spesielt hvis den er rå, kan være vanskelig å fordøye. Noen grønnsaker, for eksempel belgfrukter, inneholder for eksempel ufordøyelige oligosakkarider (raffinose, verbascose og stachyose). Det samme gjelder kostfiber, inkludert cellulose. Fordøyelsen av disse karbohydratene er i stedet mulig for andre dyr, for eksempel drøvtyggere, og for bakteriene i tykktarmen. Disse mikroorganismer gjærer kostfiberproduserende fettsyrer med en avføringsmiddel, trofisk effekt for tykktarmsslimhinnen og dyrebar for den generelle helsen til hele organismen.