Patogenese undersøker utviklingen av en sykdom og hendelseskjeden knyttet til den, som trinnvis bestemmer morfofunksjonelle endringer av cellene og vevene som tilhører de berørte organene. Disse endringene kan skyldes kjemiske, fysiske eller biologiske midler (virus, bakterier, etc.).
Vi kunne derfor definere patogenese som mekanismen som et etiologisk middel (årsaksmiddel, for eksempel en bakterie eller en stråling) bestemmer sykdommen. Det er ikke tilfeldig at begrepet patogenese stammer fra foreningen av de greske ordene patos, "sykdom", f.eks opphav, "skapelse".
Mens etiologien definerer årsakene, studerer patogenesen konsekvensene.
Ved å lese medisinske tekster kan vi derfor støte på begreper som: mikrobiell patogenese, inflammatorisk patogenese, viral patogenese, ondartet patogenese (tendens til en sykdom, vanligvis svulst, til gradvis å forverres til den blir potensielt dødelig). Mange sykdommer gjenkjenner forskjellige årsaksfaktorer (multifaktoriell etiologi) og enda flere er de som er preget av forskjellige evolusjonære mekanismer (multiple patogenese).